京王井の頭線駒場東大前駅の北、徒歩1分。東大駒場キャンパス内にある。 以前から東大には美術博物館と展示室を持たない自然科学博物館があったが、平成15年（2003年）に旧制第一高等学校の図書館だった建物が改修され、二つの博物館が一緒になって駒場博物館となった。1階が美術博物館、2階が自然科学博物館になっている。 美術博物館は多岐にわたる資料を所蔵しているが、常設展示しているマルセル・デュシャンの「大ガラス」（「花嫁は彼女の独身者達によって裸にされて、さえも」）の東京バージョン（レプリカ）が有名。 自然科学博物館では同館が所蔵する実験機器や標本などの資料を展示するほか、随時企画展が開催される。
