現在の木造2階建ての駅舎は大正13年（1924年）に竣工。東京都内では国立駅の駅舎が解体されたため、現存している木造駅舎としてはもっとも古い駅舎。週末ともなれば、先端の風俗やファッションの若者たちであふれ、古さと新しさが奇妙なコントラストを見せる。 駅のホームは通常は1，2番線だけが使われているが、初詣の時期には明治神宮側の3番線が使用される。また、少し代々木寄りには皇室用列車が発着するための原宿駅側部乗降場、通称「宮廷ホーム」があるが、ほとんど使われることはなくなった。
